El museo ocupa las salas originales del hospital. La planta principal se ha destinado a la historia medieval de la ciudad, presentando las más interesantes piezas extraídas de las excavaciones arqueológicas del castillo principal y su entorno, entre paneles explicativos, maquetas y un magnífico audiovisual. Del periodo islámico, merece destacarse entre otros, la extraordinaria colección de materiales cerámicos del siglo XI, y una espléndida reproducción de un esenciero de esta misma época. Perteneciente al periodo cristiano posterior, hemos de referenciar el fuero de la ciudad (siglo XIII), la colección de sellos episcopales, variadas cerámicas, monedas, y otros objetos metálicos de interés.